Le territoire communal d’ORGERES EN BEAUCE est marqué par la présence de la Conie.

Ce cours d’eau rejoint le Loir à l’amont de CHATEAUDUN, au niveau de MARBOUE et présente la particularité de posséder deux cours dans sa partie amont : la Conie d’Orgères et la Conie du Sud qui se rejoignent à la hauteur de NOTTONVILLE, au Sud-Ouest d’ORGERES EN BEAUCE.
La Conie du Sud coule largement au Sud d’ORGERES EN BEAUCE alors que la Conie d’Orgères longe la limite Nord-Ouest du territoire communal.
La Conie est une émergence de la nappe de la Beauce et son régime hydraulique dépend du niveau de cette nappe. Au niveau de la commune, ce cours est lié à la présence de secteurs plus ou moins humides voire marécageux.
Cette rivière était, en fait, à l’origine, un marais dont les montées d’eau avaient de nombreux impacts en plus d’être une source de développement du paludisme dans la région. Au début du 20ème siècle, des travaux sont donc entrepris pour creuser ce marais qui deviendra la Conie.